اين بيمارستان در سال 1320 با نام ميثاقيه تأسيس شد بعد از انقلاب اسلامي اين مركز به بنياد شهيد و امور ايثارگران واگذار شد و در سالهاي جنگ تحميلي عراق عليه ايران يكي از مهمترين مراكز درماني و رسيدگي به مجروحان و جانبازان عزيز و خانواده هاي معزز شهدا بوده است و در سال 1373 به دانشگاه شاهد واگذار گرديد بيمارستان شهيد مصطفي خميني يكي از بيمارستان هاي خصوصي كشور مي باشد درحال حاضر اين بيمارستان داراي 200 تخت كه تعداد 45 تخت آن ويژه مي باشد مشغول به خدمت رساني به مراجعين محترم مي باشداين مركز و تا به امروز علاوه بر خدمت رساني به عموم مراجعين ، خدمات درماني مورد نياز جانبازان عزيز و خانواده هاي معزز شهدا و ايثارگران را به نحو احسنت ارائه داده است
این مركز موفق به کسب رتبه درجه ۱ اعتبار بخشی از وزارت بهداشت ، درمان وآموزش پزشكي، گردیده است و همچنین با داشتن گواهینامه IPD (گواهی نامه جذب بیماران بین الملل ) به بیماران خارجی نیز خدمات پزشکی و سلامت ارائه می دهد.
بيمارستان شهيد مصطفي خميني در ارائه خدمات پزشکی نوین در سطح بین المللی با رعایت معیارها و استاندارد های بیمارستانی در جهت توسعه و ارتقاء کیفی خدمات پزشکی گام برمی‌دارد و با بهره مندي از حضور اساتید مجرب دانشگاهی، پرسنل كارآزموده، استفاده از تجهیزات پزشکی به روز دنيا در خدمت بيماران محترم داخلي و خارجي مي باشد.
