مجتمع آموزشی پژوهشی درمانی شهید آیت الله دکتر بهشتی(ره)-امیرالمومنین(ع) متشکل از دو بیمارستان آموزشی پژوهشی درمانی شهید آیت الله دکتر بهشتی(ره) و بیمارستان امیرالمومنین(ع) دارای 750 تخت مصوب و بعنوان بزرگترین مجموعه درمانی استان بشمار می رود. بیمارستان شهید بهشتی(ره) در این مجموعه با 530 تخت مصوب  در زمینی به مساحت 90828 متر مربع و 27997 متر مربع زیربنا در 9 طبقه در تاریخ 1366/12/25 تأسیس و شروع به کار نموده است و تا آبان ماه سال 1368 تحت نظر شبکه بهداشت فعالیت می‌کرده که در این تاریخ طبق مصوبه مجلس شورای اسلامی به بنیاد شهید واگذار گردید. بیمارستان در شهریور ماه سال 1374 به دانشگاه علوم پزشکی فاطمیه تحویل ولی در اواخر سال 1380 تعطیل شد. پس از دو سال مجمع تشخیص مصلحت نظام بیمارستان را به دولت واگذار کرده و سرانجام در سال 1384 پس از 4 سال به دانشگاه علوم پزشکی قم تحویل گردید.
در راستای توجه به بخش سلامت و گسترش عادلانه امکانات بهداشتی و درمانی در سطح کشور، 280 میلیارد ریال برای تکمیل ساختمان و تأسیسات این مرکز و تجهیز آن اختصاص داده شد.
دانشگاه علوم پزشکی قم پس از این مصوبه، از آبان 1385 نسبت به بازسازی ساختمان اقدام نمود که حدود 90 % ساختمان و 100% تأسیسات بازسازی و نوسازی شد و بیش از 200 میلیارد ریال تجهیزات مدرن بیمارستانی برای این مرکز خریداری گردید. بخشهای جدیدی به آن افزوده شد و بخشهای موجود توسعه یافتند و در نهایت در تاریخ 17 خرداد 1388 پس از بازسازی رسماً فاز اول بیمارستان توسط دانشگاه علوم پزشکی قم به بهره برداری رسید.

در سال 1398 نیز با همت و یاری مسئولان دانشگاه علوم پزشکی قم و پیگیری مسئولان بیمارستان کلینیک ویژه مرکز شهید دکتر بهشتی در کنار بیمارستان آغاز به کار نمود که با ارائه خدمات مختلف شامل بیماریهای قلب و عروق، گوارش، زیبایی،تغذیه، ریه ، ارتوپدی، مغز و اعصاب، غدد، روانپزشکی و.. در محیطی مدرن و زیبا آماده خدمت رسانی به همشهریان گرامی می باشد. این کلینیک به صورت رسمی در آذرماه سال 98 با حضور وزیر محترم بهداشت, درمان و علوم پزشکی جناب آقای دکتر نمکی افتتاح گردید.

در سال 1399 نیز بیمارستان امیرالمومنین(ع) با دارا بودن 220 تخت به این مجتمع بیمارستانی اضافه گردید. این بیمارستان با دارا بودن بخش های مکمل  با امکانات به روز و مجهز به ارائه خدمات به مراجعین محترم می پردازد.